Het Instituut is onderdeel van de Universiteit Utrecht en heeft de Universiteit van Amsterdam, de Vrije Universiteit (Amsterdam), de Rijksuniversiteit Groningen, de Universiteit Leiden, de Radboud Universiteit (Nijmegen) als vaste partners op bestuurlijk en wetenschappelijk niveau.
Het Instituut kent bovendien een lange traditie van samenwerking met wetenschappelijke en museale instellingen in binnen- en buitenland op de terreinen van onderwijs, onderzoek en cultuur.
In 2013-2015 werkt het NIKI onder meer samen met: