Het Instituut is onderdeel van de Universiteit Utrecht en heeft de Universiteit van Amsterdam, de Vrije Universiteit (Amsterdam), de Rijksuniversiteit Groningen, de Universiteit Leiden, de Radboud Universiteit (Nijmegen) als vaste partners op bestuurlijk en wetenschappelijk niveau.
Het Instituut kent bovendien een lange traditie van samenwerking met wetenschappelijke en museale instellingen in binnen- en buitenland op de terreinen van onderwijs, onderzoek en cultuur.
In 2013-2015 werkt het NIKI onder meer samen met:
- Hogeschool voor de Kunsten, Utrecht
- Museum Boijmans Van Beuningen, Rotterdam
- Teylers Museum, Haarlem
- Onderzoekschool Kunstgeschiedenis, Utrecht
- Rijksbureau voor Kunsthistorische Documentatie, Den Haag
- Roosevelt Academy, Middelburg
- Technische Universiteit Delft, Faculteit Bouwkunde
- Gabinetto Disegni e Stampe degli Uffizi, Florence
- The International Studies Institute at Palazzo Rucellai, Florence
- University of Oxford, History of Art Department
- Katholieke Universiteit Leuven
- Fondation Custodia, Parijs
